Raflesia Arnoldi

Persebaran flora di Indonesia terbentuk karena adanya peristiwa geologis yang terjadi pada jutaan tahun yang lalu, yaitu pada masa pencairan es (zaman glasial). Pada saat itu terjadi pencairan es secara besar-besaran yang menyebabkan naiknya permukaan air laut di bumi, hal ini menyebabkan beberapa wilayah yang dangkal kemudian menjadi tenggelam oleh air laut dan membentuk wilayah perairan yang baru. Beberapa wilayah perairan baru di sekitar Indonesia yang terbentuk pada masa berakhirnya zaman glasial itu adalah Laut Jawa yang terdapat di daerah Dangkalan Sunda dan Laut Arafuru yang terdapat di daerah Dangkalan Sahul. Terbentuknya perairan baru di daerah dangkalan tersebut menyebakan flora yang semula dapat dengan bebas bermigrasi akhirnya terhambat oleh perubahan kondisi geologis.
Jenis tumbuhan yang tersebar di wilayah Indonesia meliputi hutan tropis, hutan musim,  hutan pegunungan, hutan bakau dan sabana tropis. Persebaran flora di wilayah Indonesia itu sendiri terbagi ke dalam 4 kelompok besar wilayah flora Indonesia, yaitu :

1. Wilayah Flora Sumatra-Kalimantan
Tersebar di pulau Sumatra dan Kalimantan serta pulau-pulau kecil di sekitarnya (Nias, Enggano, Bangka, Belitung, Kep. Riau, Natuna, Batam, Buton dll). Contoh flora khas yang tumbuh adalah Bunga Bangkai (Raflesia Arnoldi)

Bunga Bangkai (Raflesia Arnoldi)

2. Wilayah Flora Jawa-bali
Tersebar di pulau Jawa, Madura, Bali dan kepulauan-kepulauan kecil disekitarnya (Kepulauan Seribu, Kep. Karimunjawa). Contoh flora khas yang tumbuh adalah pohon Burohal (Kepel)

Pohon Burahol (kepel)

3. Wilayah Flora Kepulauan Wallacea
Tersebar di pulau Sulawesi, Timor, Kepulauan Maluku dan Nusa Tenggara. Contoh flora yang tumuh adalah pohon Sagu

Pohon Sagu

4. Wilayah Flora Papua
Meliputi wilayah pulau Papua dan pulau-pulau kecil di sekitarnya. Contoh Flora Khas tumbuh adalah Uacalyptus, sama dengan jenis tumbuhan yang tumbuh di daerah Queensland Australia Utara.